合作医院：上海交通大学附属胸科医院
刊登杂志：Small methods
涉及癌种：非小细胞肺癌
CLAmp-seq:A Novel Amplicon-Based NGS Assaywith Concatemer Error Correction for Improved Detection of Actionable Mutationsin Plasma cfDNA from Patients with NSCLC
该研究由上海市胸科医院检验科娄加陶教授主持，吉林大学第一医院肿瘤中心、中山大学肿瘤医院肿瘤放射科、安可济生物科技有限公司等共同参与，通过多中心的临床样本收集和测试，参照血浆数字PCR及组织ARMS同步检测结果，综合评估了该项基于环化扩增的ctDNA-NGS技术的分析性能和临床性能，为非小细胞肺癌患者靶向治疗药物选择、耐药检测及全程监测提供技术平台。
实验中选择基于扩增子技术的panel，包含EGFR、BRAF和KRAS突变，专为非小细胞肺癌患者的靶向治疗方案选择而设计。该项研究评估了基于cfDNA标准品的分析灵敏度、分析特异性、最低检测下限等检测性能，并随后分析了134位非小细胞肺癌患者及50位健康人的血浆cfDNA样本，并将结果与匹配肿瘤组织ARMS技术及同一血样 ddPCR技术检测的结果进行比较。
结果表明，在cfDNA样本量为20ng，该技术的针对AF值（等位基因频率，Allele Frequency）为0.1%时EGFR常见突变，平均检出率为100%，同时所有空白对照样品均未检出“假阳性”。在组织和血浆突变检出一致性上，采用ctDNA-NGS测定的治疗前cfDNA样本中EGFR突变与匹配的肿瘤组织ARMS检测结果一致率为94.8%，与cfDNA ddPCR检测结果一致率为97.4％。在定量准确性层面，ctDNA-NGS与cfDNA ddPCR技术相比，AF一致性（R²）为0.95。该项研究还发现NGS可检测多个PCR方法无法检出的属于19del类型的de novo突变，也充分体现了ctDNA-NGS的优越性。
合作医院：复旦大学附属中山医院
刊登杂志：Clinical Chemistry and Laboratory Medicine
涉及癌种：结直肠癌
Analytical and clinical validation of anovel amplicon-based NGS assay for the evaluation of circulating tumor DNA inmetastatic colorectal cancer patients
该项研究由复旦大学附属中山医院检验科郭玮主任和肿瘤内科刘天舒主任主持。采用Firefly™这一种新型的基于扩增子、串联纠错的NGS方法，搭载安可济集团自主研发的KRAS/NRAS/BRAF/PIK3CA基因突变试剂盒（CRC-01），用于评估转移性结直肠癌患者血浆ctDNA突变的分析和临床性能确认，进而揭露安可济试剂盒在结直肠癌诊疗中的应用。于近期刊登在了Clinical Chemistry and Laboratory Medicine（IF = 3.638）杂志上。该研究由安可济提供Firefly™这项ctDNA-NGS检测方法的技术支持。
本研究使用Firefly™方法对cfDNA标准品和184例结直肠癌cfDNA临床样本中KRAS/ NRAS/BRAF/PIK3CA突变状态进行评估。并将ctDNA-NGS突变结果与匹配组织的ARMS-PCR结果进行头对头比较。同时对ctDNA-NGS报告的突变丰度低于最低检测限的样本通过ddPCR或NGS进行再次确认。
在突变频率为0.2%，DNA投入量为20ng的情况下，CRC-01试剂盒的检出率为98.89％。总体上，血浆ctDNA-NGS和组织ARMS-PCR的阳性率分别为：40.76％和48.37％，两个平台之间的检测结果一致率为80.11％。在采血前未经治疗的患者队列中，ctDNA-NGS和组织ARMS-PCR检测结果一致率提升为93.33％，PPA和NPA分别为：100％和99.60％（以两种panel共同覆盖的17个外显子为单位计算）。
Firefly™技术体系检测cfDNA为CRC患者提供了一种可行的基因分型补充手段，其检测结果与匹配的肿瘤组织样本高度一致，在定量上其性能能够与ddPCR相媲美。Firefly™技术体系能够用于结直肠癌患者的早筛早诊，伴随诊断，微小残留病监测，预后监测等方面。
合作医院：上海东方肝胆外科医院
刊登杂志：Clinics in Oncology
涉及癌种：肝癌
Detection of Tumor-Related Biomarkers inHepatocellular Carcinoma Patients by Sequencing Circulating Cell-Free DNA
该项研究由第二军医大学附属东方肝胆外科医院肝胆内一科胡和平主任主持，采用安可济集团自主研发的NGS方法检测41个肝细胞癌相关基因突变试剂盒（Accu-Act HCC）。通过基于捕获法建库的Firefly™技术检测肝细胞癌患者血浆cfDNA和配对组织中的基因变异情况，以探索相关的肝癌标志物。于近期刊登在了Clinics in Oncology杂志上。这项研究证明Firefly™技术体系扩增子法小panel和捕获法大panel均能兼容，具有其独特的优势。该研究由安可济提供NGS检测服务。
在本研究中，我们对来自16位乙型肝炎病毒感染的肝细胞癌（HCC）患者的循环游离DNA（cfDNA）和配对肿瘤组织样本进行测序，以检测cfDNA样本中的肿瘤相关生物标志物。我们使用了一个包含了41个HCC相关靶基因的panel进行检测，从10个肝癌组织样本中检出13个基因的35个变异，从6个cfDNA样本中检出7个基因的14个变异。6个高频突变基因分别是：TP53（22.86％），TERT（20％）， ALB（14.29％）， AXIN1（11.43％），FLT1（5.71％）和ARID1A（5.71％）。匹配的HCC组织和cfDNA样品的突变相关性比率与肿瘤大小或血清α-甲胎蛋白水平无关。TERT上游基因变体-124C> T（chr5：g.1295228G> A）在超过一个病例中出现。ALB突变的肿瘤与不含ALB突变的肿瘤相比，携带更多的基因突变（p = 0.021407）。我们的研究证明了基于cfDNA的测序检测HCC患者循环肿瘤DNA生物标志物的可行性。
【Firefly™技术专利号：ZL2014107651643】