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上海市胸科医院娄加陶教授团队与安可济合作研究成果在Small Methods杂志上刊登

Created on:
February 11, 2020

由上海市胸科医院检验科主任娄加陶教授主持的研究成果CLAmp-seq:A Novel Amplicon-Based NGS Assay with Concatemer ErrorCorrection for Improved Detection of Actionable Mutations in Plasma cfDNA fromPatients with NSCLC,于近期刊登在了Small Methods杂志上。

该研究由上海市胸科医院检验科娄加陶教授主持,吉林大学第一医院肿瘤中心、中山大学肿瘤医院肿瘤放射科、安可济生物科技有限公司等共同参与,通过多中心的临床样本收集和测试,参照血浆数字PCR及组织ARMS同步检测结果,综合评估了该项基于环化扩增的ctDNA-NGS技术的分析性能和临床性能,为非小细胞肺癌患者靶向治疗药物选择、耐药检测及全程监测提供技术平台。

实验中选择基于扩增子技术的panel,包含EGFR、BRAF和KRAS突变,专为非小细胞肺癌患者的靶向治疗方案选择而设计。该项研究评估了基于cfDNA标准品的分析灵敏度、分析特异性、最低检测下限等检测性能,并随后分析了134位非小细胞肺癌患者及50位健康人的血浆cfDNA样本,并将结果与匹配肿瘤组织ARMS技术及同一血样 ddPCR技术检测的结果进行比较。

结果表明,在cfDNA样本量为20ng,该技术的针对AF值(等位基因频率,Allele Frequency)为0.1%时EGFR常见突变,平均检出率为100%,同时所有空白对照样品均未检出“假阳性”。在组织和血浆突变检出一致性上,采用ctDNA-NGS测定的治疗前cfDNA样本中EGFR突变与匹配的肿瘤组织ARMS检测结果一致率为94.8%,与cfDNA ddPCR检测结果一致率为97.4%。在定量准确性层面,ctDNA-NGS与cfDNA ddPCR技术相比,AF一致性(R²)为0.95。该项研究还发现NGS可检测多个PCR方法无法检出的属于19del类型的de novo突变,也充分体现了ctDNA-NGS的优越性。

 

从检验医学出发,进行严格的性能验证

研究团队本着为患者负责的态度,将ctDNA的检测回归医学检测这一起点,立足于“准确性”与“临床有效性”这两个关键点,对相关技术进行谨慎地性能验证,采用多种方法进行“头对头”的严格比较,从而有效地考量这一技术方法是否准确可靠,为进一步讨论基于这一平台的医学检测的临床应用价值和意义打下坚实基础。

在该项研究中,突出了基于标准品的实验室性能验证(分析灵敏度、分析特异性、最低检测下限等)和基于临床样品的临床性能验证,选择了多种方法进行“头对头”的比对和校验,在选择验证的临床样品时充分考虑到未来真实检测世界中各种临床应用情境。

该项研究从设计之初,便切实从检验医学的角度出发,着眼于提升液态活检临床验证程序的规范性与可重复性,期望推动ctDNA-NGS技术向更多一线医学实验室普及,助力肿瘤精准医学发展。

 

技术性能优异,应用前景广阔

CLAmp-seq(环化扩增及测序技术),作为一种新的基于扩增子的NGS方法,将环化cfDNA分子的多重靶向滚环扩增(RCA)与基于多联体的错误校正相结合,可用于低灵敏度等位基因频率(MAF)变体的超灵敏检测,同时为临床体外诊断提供多重、易用的分析。

目前CLAmp-seq经过改良升级衍生出完善的Firefly™技术体系(包含CLAmp-seq、生信分析、机器学习算法等)。Firefly™这项ctDNA-NGS技术同时兼具定性和定量的优异性能,能够准确检出0.1%甚至以下的低频突变,这些特点将赋予其除了伴随诊断之外,在肿瘤早筛早诊、微小残留病监测和预后监测方面的应用潜能。

【技术专利号:ZL2014107651643】

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